Pondok Pesantren Bidayatul Hidayah (Pondok Mojogeneng) adalah salah satu pondok pesantren tertua di Mojokerto. Terletak di Desa Mojogeneng, Kecamatan Jatirejo, pesantren ini didirikan oleh KH. Muhammad Yahdi Mathlab pada tahun 1953. Nama Bidayatul Hidayah baru diresmikan pada tahun 1960.
Kyai Yahdi, seorang alim dan hafidz Al-Qur’an, memulai perjuangannya dari Musholla Tengah. Tahun 1959, atas usulan KH. Muhammad Dimyathi Salim, beliau mulai membangun bilik-bilik santri karena semakin banyak santri yang ingin bermukim. Dari sinilah berdiri bangunan awal pesantren. Kini, Pondok Pesantren Bidayatul Hidayah memiliki 14 asrama, termasuk Asrama Putri Darul Qur’an dan Asrama Putra Baitul Qur’an.
Pada tahun 2013, KH. Muhammad Fathoni Dimyathi Lc. mendirikan Asrama khusus untuk mendalami Ilmu Tahfidzul Qur’an. Ini merupakan bentuk kelanjutan perjuangan Kyai Yahdi sebagai seorang penghafal Al-Qur’an. Asrama tersebut diberi nama Darul Qur’an yang berarti "Kampung Al-Qur’an", dan diresmikan pada tanggal 31 Agustus 2013.
Program utama di asrama ini adalah menghafal Al-Qur’an 30 juz. Santri dibimbing membaca dengan fasih, serta mendapat bekal ilmu keislaman seperti tajwid, tauhid, fiqih, hadits, akhlak, dan lainnya.
Tepat satu tahun kemudian, pada 17 Agustus 2014, KH. Muhammad Fathoni Dimyathi Lc. kembali mendirikan Asrama Tahfidz khusus santri putra. Asrama ini berdiri di atas sebuah rumah warga yang dibeli khusus untuk tujuan tersebut, dan diberi nama Baitul Qur’an yang berarti "Rumah Al-Qur’an".